썬더 일레븐 GO 갤럭시 초강력 축구군단이 온다!천둥 중학교 축구부의 주장이자 열혈 캡틴인 강수호! 그러나 축구 부원은 고작 7명?! 쓰러져 가는 약소 축구부를 되살리기 위해서 수호는 부원을 모집하기 시작한다. 부원을 모집하던 도중 천둥 중학교 이사장의 딸이자 학교의 실세인 천여름의 제안이 들어온다. 40년 연속 무패 행진을 거듭해온 제국 중학교와 시합을 해서 패배하면 축구부를 폐지하겠다는 폭탄 선언을 해버린 것이다. 수호는 축구를 하던 도중 천재 스트라이커라 불리고 있는 염성화를 만나게 되고, 대회당일에는 제국 중학교 축구부와 제국 중학교의 천재 게임…